L'œuvre a été entendue pour la première fois à l'église Saint-Thomas de Leipzig où Bach exerça la charge de maître de chapelle de 1723 jusqu'à sa mort en 1750. Plusieurs autres exécutions eurent lieu au même endroit, respectivement le 11 avril 1727, le 15 avril 1729, le 30 mars 1736 et le 23 mars 1742.

À chaque fois, elles y reçurent un mauvais accueil. Leipzig était une cité protestante (luthérienne) marquée par un piétisme qu'on pourrait imaginer hostile aux effets dramatiques et à la puissance d'émotion de cette musique. Mais on aurait tort car Bach lui-même était un ardent piétiste et donc un partisan de ce courant philosophique qui privilégie le sentiment de piété individuelle et la principale raison est en fait à l'inverse : pour les employeurs de Bach, son art, largement polyphonique et contrapuntique, représentait surtout le passé …

Nous le percevons tout autrement : chez lui en réalité, les traditions d'écriture issues de l'époque médiévale se mêlent constamment aux conceptions italianisantes propres à l'ère baroque, synthétisant ainsi plusieurs siècles de musique européenne, ce qui pouvait dérouter des oreilles ou des esprits trop ancrés dans le présent. Bach mettait les deux esthétiques - passablement opposées - au service de son œuvre et des différents chemins qu'elle emprunte, Soli Deo Gloria (« À la gloire de Dieu seul »), selon la formule luthérienne qu'il reprenait couramment pour signer sa musique.

 

Comme bien d'autres œuvres, la partition ne sera redonnée qu'un siècle plus tard, le 11 mars 1829 grâce aux efforts de Felix Mendelssohn qui dirigea l'Académie de Chant (Singakademie) de Berlin après avoir obtenu l'accord quelque peu réticent de son directeur Carl Friedrich Zelter, pourtant grand zélateur de Bach. Pour la reprise de cette œuvre oubliée depuis longtemps, Mendelssohn, qui dirigeait d'un piano, effectua de nombreuses adaptations : partition abrégée de plus d'un tiers, chœur de 158 chanteurs, orchestre symphonique complet, partition largement révisée, changements de tessitures, travail de l'expressivité à la mode romantique… C'était donc une restitution bien éloignée de l'interprétation originale dont la tradition s'était perdue, mais cependant une grande nouveauté qui entraîna une redécouverte durable de Bach.

 

Au xxe siècle, la Passion fut donnée et enregistrée par des chœurs et des orchestres dirigés par les plus grands chefs, Wilhelm Furtwängler, Karl Richter, Herbert Karajan, Otto Klemperer, Hermann Scherchen, Michel Corboz, Nikolaus Harnoncourt, Gustav Leonhardt, Willem Mengelberg, Helmuth Rilling, Georg Solti, John Eliot Gardiner, Frans Brüggen, Philippe Herreweghe, Masaaki Suzuki, et au xxie siècle par Riccardo Chailly, Kurt Masur, René Jacobs et plusieurs autres, proposant des nuances d'interprétations intéressantes.